Мнение академика И. П. Павлова о советской системе было очень негативным, он ее не принимал изначально. Много раз он пытался выехать из России, но безуспешно. Советской власти для международного имиджа требовались заложники от науки, культуры, которых бы они представляли как идейных сторонников и они удерживали Павлова от эмиграции, пресекая его попытки.

Бытует лживое мнение, распространенное советской пропагандой, что Павлов, якобы, отказался от приглашения Шведской Академии наук переехать в Швецию и ответил, что из России он никуда не уедет. Это неправда. Уехать он хотел, но не мог - не выпускали. Выезда из России Павлов пытался добиться не только для себя, но и для своих сотрудников.

В 20-30-х гг. неоднократно выступал (в письмах к руководству страны) против произвола, насилия и подавления свободы мысли. 21 декабря 1934 года он направил в адрес СНК письмо, в котором были такие строки:

Вы напрасно верите в мировую пролетарскую революцию. Я не могу без улыбки смотреть на плакаты: «да здравствует мировая социалистическая революция, да здравствует мировой октябрь». Вы сеете по культурному миру не революцию, а с огромным успехом фашизм. До Вашей революции фашизма не было.
Разве это не видно всякому зрячему! Сколько раз в Ваших газетах о других странах писалось: «час настал, час пробил», а дело постоянно кончалось лишь новым фашизмом то там, то сям. Да, под Вашим косвенным влиянием фашизм постепенно охватит весь культурный мир, исключая могучий англо-саксонский отдел (Англию наверное, американские Соединенные Штаты, вероятно), который воплотит-таки в жизнь ядро социализма: лозунг – труд как первую обязанность и стадное достоинство человека и как основу человеческих отношений, обеспечивающую соответствующее существование каждого – и достигнет этого с сохранением всех дорогих, стоивших больших жертв и большого времени, приобретений культурного человечества.
Но мне тяжело не оттого, что мировой фашизм попридержит на известный срок темп естественного человеческого прогресса, а оттого, что делается у нас и что, по моему мнению, грозит серьезною опасностью моей родине.
Во первых то, что Вы делаете есть, конечно, только эксперимент и пусть даже грандиозный по отваге, как я уже и сказал, но не осуществление бесспорной насквозь жизненной правды – и, как всякий эксперимент, с неизвестным пока окончательным результатом. Во вторых эксперимент страшно дорогой (и в этом суть дела), с уничтожением всего культурного покоя и всей культурной красоты жизни.
Мы жили и живем под неослабевающим режимом террора и насилия. Если бы нашу обывательскую действительность воспроизвести целиком, без пропусков, со всеми ежедневными подробностями – это была бы ужасающая картина, потрясающее впечатление от которой на настоящих людей едва ли бы значительно смягчилось, если рядом с ней поставить и другую нашу картину с чудесно как бы вновь выростающими городами, днепростроями, гигантами-заводами и безчисленными учеными и учебными заведениями. Когда первая картина заполняет мое внимание, я всего более вижу сходства нашей жизни с жизнию древних азиатских деспотий. А у нас это называется республиками. Как это понимать? Пусть, может быть, это временно. Но надо помнить, что человеку, происшедшему из зверя, легко падать, но трудно подниматься. Тем, которые злобно приговаривают к смерти массы себе подобных и с удовлетворением приводят это в исполнение, как и тем, насильственно приучаемым учавствовать в этом, едва ли возможно остаться существами, чувствующими и думающими человечно. И с другой стороны. Тем, которые превращены в забитых животных, едва ли возможно сделаться существами с чувством собственного человеческого достоинства.
Когда я встречаюсь с новыми случаями из отрицательной полосы нашей жизни (а их легион), я терзаюсь ядовитым укором, что оставался и остаюсь среди нея. Не один же я так чувствую и думаю?! Пощадите же родину и нас.
То есть, Павлов не видел разницы между фашизмом и коммунизмом и определял их как два варианта одного процесса, где один вариант способен перетекать в другой, но оба варианта питаются одним - съедением человеческого общества.

После смерти Павлов был превращён в символ советской науки, его научный подвиг рассматривался и как подвиг идеологический. Мало кому было известно, что эта самая идеология находилась в резком противоречии с собственными взглядами Павлова. Истину надолго покрыла пелена пропаганды.
Эхо России